哲学館大学専門学校令が公布されると、早稲田大学の例にならって、「大学部」を設置したり、一年半程度の予科をおいて、「大学」の名称を付けた専門学校がつぎつぎと誕生した。一九〇三(明治三六)年八月、明治法律学校が明治大学へ、和仏法律学校は法政大学へ、東京法学院は東京法学院大学(のちの中央大学)へ、日本法律学校は日本大学へと、それぞれ改称した。翌年には、慶応義塾大学部、日本女子大学校、早稲田大学などが、専門学校令による専門学校となった。哲学館は円了の帰国後に手続きをして、一九〇三(明治三六)年一〇月、明治大学などから少し遅れて、専門学校令による設置認可を得た。翌年四月に開校式をおこない、大学部と専門部を置く専門学校として出発した。新たな校名を「私立哲学館大学」とした。学則第一章で「本校は高等なる哲学文学等を教授する所とす」とし、その組織を大学部・専門部・予科・別科の四部とした。大学部は第一科と第二科に分かれ、修業年限は五か年とし、専門部も教育と哲学とに分102
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