第1巻

  1. 哲学一夕話

  2. 哲学要領

  3. 純正哲学講義

  4. 哲学一朝話

  5. 哲学新案

  6. 解説:針生清人

第2巻

  1. 哲学早わかり

  2. 哲界一瞥

  3. 哲窓茶話

  4. 奮闘哲学

  5. 解説:小林忠秀

第3巻

  1. 真理金針

  2. 真理金針〔続編〕

  3. 真理金針〔続々編〕

  4. 仏教活論序論

  5. 解説:高木宏夫

第4巻

  1. 仏教活論本論 第一編 破邪活論

  2. 仏教活論本論 第二編 顕正活論

  3. 活仏教

  4. 解説:森章司

第5巻

  1. 仏教通観

  2. 仏教大意

  3. 大乗哲学

  4. 井上円了の仏教観・社会観:金岡秀友

  5. 解説:菅沼晃

第6巻

  1. 日本仏教

  2. 真宗哲学序論

  3. 禅宗哲学序論

  4. 日宗哲学序論

  5. 解説:田村晃祐

第7巻

  1. 純正哲学講義

  2. 仏教哲学

  3. 印度哲学綱要

  4. 仏教理科

  5. 破唯物論

  6. 解説:清水乞

  7. 編集後記

第8巻

  1. 宗教新論

  2. 日本政教論

  3. 比較宗教学

  4. 宗教学講義 宗教制度

  5. 宗教哲学

  6. 解説:河波昌

第9巻

  1. 心理摘要

  2. 通信教授 心理学

  3. 東洋心理学

  4. 解説:恩田彰

第10巻

  1. 仏教心理学

  2. 心理療法

  3. 活用自在 新記憶術

  4. 解説:恩田彰

第11巻

  1. 倫理通論

  2. 倫理摘要

  3. 日本倫理学案

  4. 忠孝活論

  5. 勅語玄義

  6. 教育総論

  7. 教育宗教関係論

  8. 解説―井上円了の倫理学:田島孝

  9. 解説―井上円了の日本倫理学:末木剛博

  10. 解説―井上円了における教育と宗教の関係をめぐって:中村哲也

第12巻

  1. 館主巡回日記

  2. 南船北馬集 第一編

  3. 南船北馬集 第二編

  4. 南船北馬集 第三編

第13巻

  1. 南船北馬集 第四編

  2. 南船北馬集 第五編

  3. 南船北馬集 第六編

  4. 南船北馬集 第七編

  5. 南船北馬集 第八編

第14巻

  1. 南船北馬集 第九編

  2. 南船北馬集 第十編

  3. 南船北馬集 第十一編

  4. 南船北馬集 第十二編

第15巻

  1. 南船北馬集 第十三編

  2. 南船北馬集 第十四編

  3. 南船北馬集 第十五編

  4. 南船北馬集 第十六編〔遺稿〕

  5. 〔補 遺〕館主巡回日記

  6. 解説―井上円了の漢詩について:新田幸治

  7. 解説―井上円了の全国巡講:三浦節夫

  8. 巡講地索引

第16巻

  1. 妖怪学講義 緒言 総論

  2. 妖怪学講義 理学部門 医学部門

第17巻

  1. ……

第18巻

  1. ……

第19巻

  1. 妖怪玄談

  2. 通俗絵入 妖怪百談

  3. 通俗絵入 続妖怪百談

  4. 通俗講義 霊魂不滅論

  5. 哲学うらない

  6. 改良新案の夢

  7. 天狗論

  8. 迷信解

第20巻

  1. おばけの正体

  2. 迷信と宗教

  3. 真怪

第21巻

  1. 妖怪学

  2. 妖怪学講義録

  3. 妖怪学雑誌

  4. 妖怪学関係論文等

  5. 解説―井上円了の妖怪学の歴史的意義:板倉聖宣

  6. 解説―井上円了の妖怪学とそれ以後:小松和彦

  7. 解説―井上円了と妖怪学の誕生:三浦節夫

  8. 妖怪学参考図書解題:山内瑛一編

  9. 妖怪学著書論文目録

  10. 妖怪学総索引

第22巻

  1. ……

第23巻

  1. ……

第24巻

  1. ……

第25巻

  1. ……